在一次演习中，一艘军舰发生意外，年轻海军军官李臣旭（郑雨盛 饰）在事件中被怀疑杀害上司，最后被判枪毙。但醒来时发现自己并未死去，还身处韩国绝密的核武基地内。1996年12月，俄罗斯为偿还债务抵给了韩国一艘攻击型潜艇，韩国趁机把它改造成了核潜艇，命名「幽灵号」，并将其视为国家机密。跟它的名字一样，艇上所有队员没有名字，只有代号，李臣旭被编号为431，职务是飞弹主任。 　　转眼他们迎来了首航，但很快地，潜艇便接到来自政府最高权力的命令，美国跟日本已经知道了「幽灵号」，总部为了销毁证据，决定毁掉潜艇。得知此事后，个性好战的副艇长202号（崔民秀 饰）借“发生叛变事件”杀死了艇长，控制了「幽灵号」。面对闻讯赶来的431，接管艇长的202表示自己目的只有一个：炸沉日本，引发最新一次世界大战！ 　　431决定进行反抗，免世界于沉灭…