关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的阿凛隐姓埋名，作为医生源三郎的助手，与无血缘关系的养女小时平静生活。某日，为了获取治愈小时病症的药，阿凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的小时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……