相泽恭平是日本一个名为「搜查」的秘密非政府间谍组织中的刺客。他沉浸在女友因空难而逝去的悲痛之中。此时，「搜查」的领导者三云凉连络恭平执行一项紧急任务：拯救一名同僚特工、回收一种被称为「RDX@」的新型高爆炸性液体，并阻止残酷无情的极道老大虎月宗次郎及其帮派接管日本。尽管忍者曾被认为已消失在历史长河中，但这批新型刺客依然存在，他们致力于保护日本及一切正义之事——新一代的忍者即将现身！