住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一位仙子丝黛娜之后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。一开始来自黑云塔学院的三妖后原本主要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的男角色也相继出现。 蕾儿逐渐发现自己的身世，并得知自己是神龙圣火的守护天女。三妖后自从被逐出黑云塔学院以后找到机会对蕾儿下手，夺走神龙圣火之力，召唤魔物大军席卷整个魔法仙境。蕾儿恢复法力，和神奇仙子同伴们阻止三妖后，最终击败三妖后夺回神龙圣火化解危机。在浩瀚无边的宇宙某处，女巫和精灵正进行正邪不两立的对峙战斗。在这称做“仙界”的奇幻世界中，精灵、人类和女巫们都必须为生存而战。形形色色的精灵和女巫，个个都能展现和本身个性相关的超能力。蕾儿和四个好友所组成的“仙灵组”，誓言要打击邪灵，并奋力抵抗“黑云塔学院”的邪恶女巫。